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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显现出广泛的的怪物活性酶类，其中包括抗恶性肿瘤和抗病性毒用。一般，三萜是按照甲羟戊酸方法制成的，并从当然动植物和白色念珠菌中转化成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表小作文了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的实验小作文。该实验遇到三萜类类化合物虫草酸（GA）是依据流体教育培养的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物体工程转变诞生的。借助转录组和球蛋清组学枝术水平进一个步骤探讨无柄野生虫草菌丝体中DHT诞生两类野生虫草酸（GA）的管理机制，并要根据几组学枝术水平检查到的之间的关系基因组和之间的关系球蛋清，估测DHT 生物体工程组成 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和模块的分类

经过对无柄虫草病菌菌丝体采取转录组测序共收获67230个转录本和14293个单表观遗传组。在某些单表观遗传组中，49俩被评定为相互影响呈现出表观遗传组（DEGs），各举213个呈现出调整，279个呈现出调低（图1A）。GO含有具体讲解后，DEGs分成微生物方式（BP）、生殖上皮细胞组成（CC）和碳原子实用功能（MF）3类。在BP种类中，出现了了前五个子种类：抗菌药被分解转换成分泌方式，乙酸盐分泌方式和甲酸盐分泌方式;而在CC种类中，生殖上皮细胞外区、突触复合型体、突触形式是前五个亚类。而言MF种类，甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性、阳极氧化修复酶抗逆性和酸氨（或酰胺）对接酶抗逆性是前五个亚种类（图1B）。在DEGs的KEGG信号灯径路具体讲解中，前30条含有度最好的信号灯径路有27条属分泌，各举丁烷分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌信号灯信号灯径路为显著含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和功效分级

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体使用淀粉酶酶质组学分折，大概确实了16,457种有趣肽、2606种淀粉酶酶质和2588种化学发光法淀粉酶酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立條件下，这里2606种淀粉酶酶质中，94种被评定为差别的把你想展现出来淀粉酶酶（DEPs），中仅52种调整，42种调低（图2A），图2C现示了差别的把你想展现出来淀粉酶酶的聚类算法分折热图。从GO分折而言，BP类型现示，绝大往往数DEPs参予醋酸钠盐分泌的的时候、抗生素类细化分泌的的时候和治疗药物细化分泌的的时候。CC类DEPs在体组织外区、过腐蚀物酶体和微体中占到比例怎么算最底，腐蚀恢复酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的比例怎么算最底（图2B）。与转录组结局类似，KEGG环路分折现示，很多DEPs在分泌中怪物丰度，中仅3条最怪物丰度的经由是光合怪物中的碳稳固、碳分泌和MAPK参数信息环路（图2D）。不仅，利用分折GO参数库的CC对DEPs使用亚体组织标记分折和注解（图2E），DEPs关键分布区在体组织质（40.66%）、体组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论体系上是GAs怪物提炼的关键地位。

图2|核膳食纤维组的按量概述和性能查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物应用和比组备选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个性别差异表述DNA（图3A）。对转录组和球营养素组中E组和C组共得的DEGs/DEPs来进行聚类算法数据分享，看见mRNA和球营养素中有18个上涨DNA和8个调整DNA，DEGs和它的汉语翻译的DEPs表述关卡呈正有关系，因为Pearson的有关系标准值数据分享，在转录组和球营养素组中加测到取决于较高的有关系性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测然而现示，E组和C组1一个DEGs的表示程度的差异相关系数，这里面9个为上浮DEGs，2为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表示趋势分析与转录类物质析然而不符。

图3|核胆固醇组的定量定量分析定量分析和模块认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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